新型コロナウイルス感染症（COVID-19）を引き起こすウイルス（SARS-CoV-2）は、人によっては体内に長期間残ることがある。こうした残存ウイルスを新型コロナ後遺症の根本原因と考える科学者が増えている。最新の研究によると、コロナ後遺症患者の血液からは感染から1年後まで、SARS-CoV-2のスパイクタンパク質が検出されたが、完全に回復した人からは検出されなかった。複数の科学者や研究によると、ウイルスはこれまでに、脳や肺、消化管の内側などの細胞組織からも検出されている。複数の研究者によると、この研究結果は、一部の人の体内に残ったウイルスが免疫系を刺激して、血栓や炎症などの合併症を引き起こし、コロナ後遺症の特定の症状を悪化させる可能性があることを示している。