25年の調査では、このペナルティーに対する考えを聞いた。回答した国公私立612大学のうち、「反対」は36％、「どちらかと言えば反対」は37％と計73％が批判的だった。だが、設置者によって大きな差がみられた。国立大学は44％（「反対」4％、「どちらかと言えば反対」40％）、公立大学は61％（「反対」8％、「どちらかと言えば反対」53％）。これに対して私立大学は80％（「反対」46％、「どちらかと言えば反対」34％）に達した。
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454大学が答えた私立大学の中でも、規模によって大きな差が見られた。入学定員が「3000人以上」は52％（「反対」16％、「どちらかと言えば反対」36％）、「1000～2999人」は76％（「反対」24％、「どちらかと言えば反対」52％）、「300～999人」は83％（「反対」53％、「どちらかと言えば反対」30％）、「300人未満」は84％（「反対」57％、「どちらかと言えば反対」27％）。24年調査と同様、小規模大学ほど批判的な見方をしていた。
学生の学びを支える制度が
地方大学を追い込む矛盾
『崖っぷちの私立大学 偏差値で測れない価値をどう見抜くか』（朝日新聞「ひらく 日本の大学」取材班、朝日新聞出版）
「反対」と回答した小規模私立大学の声をいくつか紹介しよう。新潟県の大学は「もはや収容定員充足率の低下は、各大学の努力だけでは避けられない」と指摘。また、福岡県の大学は「修学支援新制度が少子化対策という視点から大きく外れてしまい、大学や短大の自発的撤退を促す手段になってしまっている」と批判した。
日本私立学校振興・共済事業団の集計では、小規模大学ほど入学定員の充足率は低い傾向がある。深刻な定員割れとなっているケースが多いため、小規模大学ほど批判的な見方が強かったとみられる。
小規模大学が多く加盟する日本私立大学協会の小原芳明会長（玉川大学理事長・学園長）は、24年9月の中央教育審議会（中教審＝文科相の諮問機関）の特別部会で、ペナルティーの廃止を求めた。「家庭の経済状況にかかわらず、誰もが高等教育を受けられる社会の実現が強く望まれる。学生に責任のない要件は撤廃するべきだ」と訴えた。この要件が「低所得層の学生が学びたい大学で学べない矛盾を生む」と指摘。「地方から大学進学の機会が失われ、若者の地域流出を助長させかねない」などと批判した。
