家康の侍医を務めた板坂卜斎の『慶長年中卜斎記』によると「三成は、西丸の向かいの曲輪の屋敷へ参着」と書かれている。また『慶長見聞書』には「三成を女の乗り物に乗せ、佐竹義宣に同道させ、宇喜多秀家がいる備前嶋に行き、相談した。徳川家康に今回のことを申し入れ、伏見に赴く。秀家からは家老を付けられ、佐竹も同道し、伏見に行く。伏見の治部少輔屋敷は本丸の次、一段高い所にある」とある。
これらの史料が示しているのは、治部少輔・石田三成の避難先は、家康の屋敷ではなく、伏見の自分の屋敷であることだ。伏見城内の自らの屋敷に立て籠もった三成。城内に入れない七将と睨み合うことになるが、家康はその調停に乗り出すことになる。
その結果、三成は居城・佐和山城（滋賀県彦根市）に引退、一方、三成を襲撃しようとした黒田長政・蜂須賀家政に対しては「朝鮮蔚山城での籠城戦のおり、追撃が弱く、敵との戦いを回避したという嫌疑を受け、秀吉から処罰されたことについて、新たに調査したこと、現地の目付衆が証言している通り、正当でない処分と思われるので、没収された領地については、還付すること」などが申し伝えられた（閏三月十九日）。
黒田長政・蜂須賀家政らの名誉が回復されたわけだ。これでは、彼らも矛を収めざるを得ない。この事件の解決には、家康の尽力もあったが、秀吉の正室・北政所の奔走もあったと言われている。
秀吉死後、毛利輝元と四奉行（石田三成・増田長盛・長束正家・前田玄以）を中心とするグループと、前田利家・浅野長政・宇喜多秀家を中心とするグループが形成され、家康（家康支持の大名は、例えば、池田輝政・黒田長政・福島正則・藤堂高虎ら）を牽制する動きがあったとされるが、七将による三成襲撃事件の背景には、そうした対立構造があったことが要因ともされる。
より大きく言えば、今回の事件は、毛利輝元を中心とするグループと、家康を中心とするグループの対立関係が顕在化したものとも言える。
『家康クライシス-天下人の危機回避術-』（ワニブックスPLUS新書）濱田浩一郎 著
家康としても、七将の三成襲撃という「暴挙」を黙認することはできなかった。黙認すれば、政局は混沌とし、秩序は乱れ、場合によっては、家康の指導力が低下し、危機に陥ることも考えられたからだ。そうなるよりは、七将の武力行使を抑止し、三成を佐和山への引退という形で中央政界から追放するほうが、家康にとって有利に作用するであろう。それを証明するかのように、家康は宇治川対岸にある伏見向島の屋敷から、伏見城西丸に入ることになる（閏三月十三日）。
これを聞いた奈良・興福寺の多聞院英俊は「天下殿になられ候」と、その日記に家康のことを記した。伏見入城をもって、家康を天下人と見做す空気があったことが窺える。
閏三月二十一日、家康と毛利輝元との間で、誓紙が取り交わされた。輝元側の誓紙には「自分は豊臣秀頼様のことを疎（うと）んじる気持ちがないと、家康に申し入れたところ、同意が得られたことに感謝する。家康に対して、別心もなく、父兄のように思い接する」との内容が記されていた。
一方、家康側の誓紙には「豊臣秀頼に対し、粗略なきことに同意する。輝元に対し、別心なく、兄弟のように接する」ことが書かれていた。家康の誓紙には「兄弟のように」接するとあり、輝元の誓紙には家康を「父兄のように思う」と記されていることが注目される。「父兄」の家康が上位に立ったことがわかろう。
家康は三成襲撃を企てた七将を抑えたばかりでなく、大大名の毛利輝元をも下風に置いたと言えるだろう。一滴の血も流さずに。輝元や三成に与していた増田長盛や長束正家・前田玄以ら三奉行や豊臣家の有力官僚も、家康方に転じることになる。七将による三成襲撃という事件を、あっという間に、自らに有利なように持っていった家康の手腕には目を見張るものがある。
