ただし、犯罪の内容からして、訓戒・減給等の軽い処分しか想定されないような場合にまでそのような措置を取ると、長期間の自宅待機命令が、予想される懲戒処分とのバランスを欠いたものと評価され、違法と評価されるリスクは否定できないと思われます。

業務として自宅待機を命じたら
その期間の賃金は全額払いが無難

　他方、自白事件であり事実認定に不確定要素が少なく、懲戒処分の材料が揃っている場合には、単に裁判が確定していないからといって懲戒処分をせず、自宅待機を徒に長引かせると、長期間の自宅待機につき業務上の必要性がないとして、違法と評価されるリスクがあるでしょう。（もっとも、自白事件の場合は、そもそも審理が1期日で終わることが多く、裁判が長期化することが稀ですから、自宅待機命令が長期に及ぶということ自体があまり想定し難いでしょう）。

　なお、就業規則において起訴休職の規定がある場合は、起訴休職も選択肢になり得ますが、保釈中の起訴休職が有効と認められるハードルは相応に高いです。この点については、次の節において説明します。

　自宅待機命令は、それ自体が業務命令であり、業務として自宅待機を命じているわけですから、賃金は全額を支払うことが相当です。

　なお、使用者の責に帰すべき事由による休業の場合においては、使用者は、休業期間中当該労働者に平均賃金の100分の60以上の手当を支払わなければならないとする労基法26条を踏まえて、就業規則等において、自宅待機命令の期間について給与を60％程度に減額する旨の定めを設けている会社も散見されますが、そのような定めがあったとしても、100％の給与を支払うことが無難です。当該定めが有効であるとしても、原則どおり100％の賃金を支払えと請求されるリスクはありますし、加えて、賃金の減額が実質的な制裁（懲戒処分）であり、後に実施する懲戒処分との関係で二重処罰に当たらないかという論点が出てくる可能性があります。