この2件に関する調査報告書を昨年12月と今年4月の2度にわたって国土交通省に提出したが、5月中旬、国交省がその報告書の内容が適正かどうかを確認するための立ち入り検査で、本来無効とすべきデータを使用していたという、さらなる不正が発覚した。「なぜ、現場はそれを早く伝えてくれなかったのか」。ある役員は報告を受けた際にがくぜんとしたという。
これには国も「全容解明に対する取り組みの姿勢に疑問を抱かざるを得ず、極めて遺憾だ」と憤りを隠さない。ある幹部は「4カ月もの調査期間中に一体何をしていたのか」とあきれ果てる。